Распоряжением Правительства Российской Федерации от 11.11.2010 № 1950-р утвержден перечень государственных программ Российской Федерации, согласно которому Федеральное агентство морского и речного транспорта является участником и соисполнителем по 11 государственным программам.

Федеральные целевые программы (ФЦП) являются инструментом реализации государственных программ. В рамках ФЦП до Росморречфлота доводится бюджетное финансирование на реализацию мероприятий программы.

Помимо этого, для создания основ эффективного развития отрасли водного транспорта, реализации транзитного потенциала и обеспечения ее конкурентоспособности разрабатываются стратегии. 

 Перечень государственных программ, участником которых является Росморречфлот